中国养猪网讯：　　引言

　　2013年4月，美国首次检出猪流行性腹泻病毒，截至2014年2月16日，美国25个州共确诊了3310例(www.aasv.org/PEDV)。然而，PEDV在美国猪群的时间和空间上的分子流行病学仍知之甚少。本研究目的是描述自2013年4月首次发现PEDV以来，PEDV在美国猪群的流行基因型及其多样性。

　　材料与方法

　　从2013年10月至2014年2月，对通过实时RT-PCR确诊为PEDV阳性的120例样品的PEDV S1基因(保护性抗原的第一个2.2 kb基因序列)进行测序。其中有5例阳性样品采用Sanger法测定保护性抗原spike基因(S基因)的全长序列。2例来自不同州的阳性样品采用下一代测序法(又叫高通量测序法)测定全基因组序列。用Lasergene 11 Core Suite (DNAStar)对基因序列进行拼接与分析。这些序列与GeneBank中2013年5月和6月收录的10株美国毒株PEDV和216株非美国毒株PEDV进行比对。采用MEGA5.2(分子进化遗传分析软件)软件进化系统分析。

　　结果

　　测定的120例样品PEDV S1基因序列进行相互比对，并与2013年4月的美国毒株(被命名为原始美国毒株)进行比对，其中106例的核酸序列相似度达99.0%-100%。相反，仅有14例与原始美国毒株的核酸序列相似度达92.4%-93.8%，这14株彼此之间的相似度达99.6%-100%(被命名为变异美国毒株)。BLAST的结果显示，这14株变异株的S1序列与中国PEDV分离株CH/HBQX/10(JX501318)的同源性达99.4-99.6%。这14株PEDV变异株RNA序列与原始美国毒株序列比对结果显示，在S1区的第一个1069 nt中都有相同的129个核酸碱基发生了变异。此外，这14株变异PEDV的S1区共有15 nt的碱基缺失(分别在不同位置有1 nt、11 nt和3 nt的碱基缺失)，与美国原始株比对在一个位置有6 nt的碱基插入。有趣的是，在这14株变异株中，发现PEDV毒株主要的129 nt碱基的改变和相同的基因缺失与插入部分，在中国、韩国和欧洲之前鉴定的某些PEDV毒株中也有发现。

　　5份Sanger法测序的变异株S基因全长序列相互比对的相似度达到99.7%-100%，与美国原始毒株比对的相似度仅96.1%-96.5%。2份下一代测序法测序的变异株基因全长相互比对的相似度达99.8%，与美国原始毒株的相似度达98.8%-99%。

　　将S基因的全长序列或部分序列进行遗传进化分析，结果表明，美国变异株与中国报道的某些PEDV毒株是同一个群的，而与美国原始株之间的亲缘关系较远。当用全基因组序列时，变异株仍然与美国原始株之间的距离较远，但是其与美国原始株之间的亲缘关系要比单纯比较S1基因或S基因时的亲缘关系近。

　　结论与讨论

　　所有研究数据表明，美国的流性腹泻病毒仍处于早期流行阶段，并且还没有完全显著的基因改变。尽管如此，本研究鉴定了美国养猪业之前并未意识到的PEDV变异株。PEDV变异株起源于美国原始毒株的情况是不太可能的，因为目前几乎还没有美国原始毒株发生变异的报道。更有可能是不止一种PEDV基因型传入美国。到目前为止，PEDV变异株已经在7个州的农场检测到，我们甚至应该追溯到2013年10月之前。另外追根溯源的检测工作已经在进行中。PEDV在美国猪中的遗传亲缘关系和流行病学调查工作应该被密切监控。